La troisième cour
Le portail de la troisième cour est aussi appelé porte de la félicité. Cette porte a été redécorée au XVIIIe siècle dans le style rococo.
Dans la troisième cour se trouvaient les quartiers privés du Sultan.
La porte débouche directement sur la salle des audiences, reconnaissable à son toit en auvent supporté par des colonnes de marbre. Le sultan y recevait des visiteurs ainsi que les membres du Conseil à l'issue des réunions du Divan. 
On trouve aussi dans cette cour deux bibilothèques : l'ancienne, la bibliothèque d'Ahmet III, fondée en 1719, et la mosquée des Aga qui est devenue aujourd'hui la nouvelle bibliothèque du musée.
Enfin, les appartements sacrés ou appartements de la félicité, situés à gauche de la cour, magnifiquement décorés de faiences d'Iznik, contiennent les reliques du prophète Mahomet : bannière, sabre et manteau. Ces reliques furent rapportées d'Egypte par Selim Ier après la conquète du Caire par les ottomans. L'attrait des visiteurs pour ces pièces du palais est tel qu'on y frôle malheureusement la cohue en période estivale.
La quatrième cour
L'accès à la quatrième cour se fait en traversant les appartements sacrés. Cette cour était à l'usage exclusif du Sultan. Aussi appelée jardin des tulipes, il s'agit en fait d'un jardin étagé où sont disposés plusieurs pavillons, parmi lesquels : 
- la salle des circoncisions : construite par le sultan Ibrahim en 1642 pour célébrer le rite de circoncision de son fils, le futur Mehmet IV. Les murs intérieurs de cette salle sont recouverts de faïence d'Iznik.
- le kiosque d'Erevan : construit par Murat IV en 1636 pour célébrer la prise d'Erevan (Arménie) par les ottomans.
- le kiosque de Bagdad : encore un pavillon commémoratif, construit par Murat IV en 1638 pour célébrer la prise de Bagdad la même année par les armées ottomanes. Les murs intérieurs et extérieurs de ce kiosque sont recouverts de faïences bleues et blanches.
